由於經濟利益的誘惑，越來越多的銷售商為了個人利益在有機肥中添加各種抗生素 ，以致汙染了有機肥 ，使農作物受損 ，尤其以四環素類和磺胺類抗性基因的最為突出 ，為此 ，國家發布了《有機肥料中土黴素 、四環素 、金黴素與強力黴素的含量測定高效液相色譜法》標準 ，並與2017年3月1日實施 。
標準的發布是有機肥行業的利好消息 。
第一 ，為有機肥無害化處理提供了技術和標準支持;
第二 ，利於商品有機肥的發展 ，讓畜禽糞便成為有機肥料原料補充;
第三 ，食品安全更加有保證 ，經濟作物生產對有機肥消費量將增加 。畜禽糞便高效處理少
目前 ，大部分畜禽糞便不經過堆肥處理直接用於農作物的各種土地施肥 ，抗生素抗性基因很可能會通過土壤環境進入農作物 ，甚至通過食物鏈進入人體 ，威脅人類的健康和安全 ，而且抗生素是工業化規模化養殖及動物預防疾病必須使用的 ，很難從源頭控製其使用 ，從根源上解決抗生素基因汙染問題 。
據統計 ，目前 ，畜禽糞便的高效處理率僅30.1% ，其中 ，傳統堆漚畜禽糞便處理方式占比最大 ，為41.7%;工廠化堆肥和生產沼氣分別占比16.5%和13.6%(高效處理率僅30.1%);剩餘28.2%處理與否 、如何處理未知 。堆肥可降解畜禽糞便抗生素殘留
堆肥為處理各種廢棄物使之無害化和資源化的一種有效途徑 ，利用堆肥去除畜禽糞便中有害汙染物也能起到一定作用 。堆肥可以明顯的降低糞便中抗生素濃度 。
據了解 ，目前的堆肥工藝如果控製得好 ，一般可以降解畜禽糞便抗生素殘留的70%-80% ，除堆肥以外 ，還可以通過厭氧沼氣發酵的方式降解畜禽糞便有機肥中抗生素殘留的30%-40% 。通過在堆肥過程中添加抑製劑或者嗜熱菌劑等途徑改善堆肥條件便可以盡可能防止抗生素抗性基因進入土壤環境 ，降低抗生素抗性基因這種新型環境汙染物的汙染水平 。
在實際堆肥生產中 ，一般會選擇添加調理劑來調節堆肥效果 ，比如鋸末 、稻草 、秸稈等即具有高的含碳量 ，在好氧堆肥特別是雞糞堆肥中應用最為廣泛 。另外 ，通過加入嗜熱菌劑等微生物菌劑也可顯著提高堆體溫度 ，延長高溫持續的時間 。
在堆肥過程中 ，四環素類抗生素可實現快速降解 ，從而有效降低四環素類抗生素殘留帶來的環境風險 。有研究表明 ，經過豬糞+麥秸 、雞糞+麥秸兩種方式分別高溫堆肥後 ，畜禽糞便中四環素類抗生素(四環素 、土黴素 、金黴素)降解率分別為75.6%-85.97%和66.56%-82.44% 。而對於抗生素的降解機理 ，抗生素在堆肥過程中濃度降低 ，並非完全是微生物降解的結果 ，有機物吸附 、堆肥溫度及抗生素自降解等非生物因素均存在影響 。抗生素類到底是何物質?
四環素類抗生素(英文名為tetracyclines ， 簡稱TCs) ，是由放線菌產生的一類廣譜抗生素 ，包括金黴素 、土黴素 、四環素及半合成衍生物甲烯土黴素 、強力黴素 、二甲胺基四環素等，其結構均含並四苯基本骨架 。四環素類抗生素是抗生素中較為便宜的一類 ，因價格低廉在我國大受歡迎 ，不僅作為藥物廣泛用於人類與動物疾病的治療 ，同時也作為添加劑大量使用 ，用於提高飼料利用效率 ，促進動物生長 。
